Bom dia Cristiano, bom o fato de você ter carteira assinada não impede de você complementar a sua renda sendo MEI, ou seja enquanto desempenha as funções com carteira profissional assinada. O detalhe é que o fato de ter emprego com registro em carteira não impede o recolhimento do INSS como MEI. Quanto a sua preocupação em caso de ser mandado embora tendo MEI de perder seus direitos trabalhistas fique tranquilo não existe nunhuma possibilidade de perda dos seus direitos conquistados devidas em qualquer demissão sem juta causa. Espero ter ajudado.