Olá Carolina!

Segundo a Justiça do Trabalho, as faltas decorrentes de isolamentos e restrições impostas pelo poder público são consideradas justificadas mesmo que passem dos 15 dias. Neste caso o salário deve ser pago de forma integral.

Caso o funcionário esteja afastado por determinação médica (atestado) aplica-se a regra dos 15 dias justificáveis e a partir do 16º o auxílio doença passa a ser pago pelo INSS.

Confira o posicionamento do Tribunal Superior do Trabalho:

No início de fevereiro, foi sancionada no Brasil a Lei 13.979/2020, que dispõe sobre as medidas para enfrentamento da emergência de saúde pública de importância internacional decorrente do coronavírus. O isolamento e a quarentena (restrição de atividades ou separação de pessoas, […] que não estejam doentes, a fim de evitar a possível contaminação ou a propagação do vírus) são algumas das medidas que podem ser aplicadas pelo Poder Público.

 

Neste caso, o período de ausência decorrente será considerado falta justificada ao serviço público ou à atividade laboral privada (artigo 3º, parágrafo 3º). As medidas de isolamento e quarentena, no entanto, somente poderão ser tomadas pelos gestores locais de saúde, mediante autorização do Ministério da Saúde. A Portaria 356/2020 do Ministério da Saúde regulamenta diversos procedimentos da Lei da Quarentena.

 

No caso de afastamentos não decorrentes do coronavírus, aplicam-se as disposições gerais para licença por motivo de saúde.  Neste caso, trabalhadores filiados ao Regime Geral de Previdência Social incapacitados para o trabalho ou para sua atividade habitual por mais de 15 dias têm direito ao auxílio-doença. Durante os primeiros 15 dias consecutivos de afastamento, cabe à empresa pagar ao empregado o seu salário integral. Após o 16º dia, o pagamento é feito pelo INSS.

http://www.tst.jus.br/noticias/-/asset_publisher/89Dk/content/id/25142571

Outras possibilidades

Considere ainda outras possibilidades como interrupção ou suspensão do contrato de trabalho,  redução salarial por motivo de força maior, home office, redução de carga horária e até férias coletivas. Veja os requisitos em: https://www.conjur.com.br/2020-mar-17/opiniao-empregador-agir-preservar-saude-empregados

Há notícias ainda de que o Governo pagará 15 dias de afastamento por coronavírus

Veja ainda outras dúvidas com um advogado do Sebrae no vídeo abaixo a partir do minuto 5′:38″