Olá!

Como o recurso de pagamentos no WhatsApp possibilita transferências de fundos entre contas bancárias, os bancos precisam receber as informações sobre cada pagamento. Desse modo, as transações não podem ser protegidas pela criptografia de ponta a ponta. Entretanto, um sistema avançado de armazenamento de dados e a criptografia armazenarão os números dos cartões em uma rede separada e altamente segura.

Fonte: https://faq.whatsapp.com/general/payments/about-end-to-end-encryption-for-payments-br-p2p/