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À Instância Central e Superior compete:

• A vigilância agropecuária de portos, aeroportos e postos de fronteira internacionais e aduanas especiais.
• A fixação de normas referentes a campanhas de controle e de erradicação de pragas dos vegetais e doenças dos animais.
• Aprovação dos métodos de diagnóstico e dos produtos de usos veterinário e agronômico.
• A manutenção do sistema de informações epidemiológicas.
• Regulamentação, regularização, implantação, implementação, coordenação e avaliação das atividades referentes à educação sanitária em defesa agropecuária, nas três Instâncias do Sistema Unificado.
• A auditoria, a supervisão, a avaliação e a coordenação das ações desenvolvidas nas Instâncias intermediárias e locais.
• A representação do país nos fóruns internacionais que tratam de defesa agropecuária.
• A realização de estudos de epidemiologia e de apoio ao desenvolvimento do Suasa.
• O aprimoramento do Suasa.
• A cooperação técnica às outras instâncias do Suasa.
• A manutenção das normas complementares de defesa agropecuária.
• A execução e a operacionalização de atividades de certificação e vigilância agropecuária, em áreas de sua competência.

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