Se a prefeitura majorou o valor por causa do MEI,  a prefeitura cometeu uma ilegalidade segundo a LC nº 123/2006 “Art. 18-D: A tributação municipal do imposto sobre imóveis prediais urbanos deverá assegurar tratamento mais favorecido ao MEI para realização de sua atividade no mesmo local em que residir, mediante aplicação da menor alíquota vigente para aquela localidade, seja residencial ou comercial, nos termos da lei, sem prejuízo de eventual isenção ou imunidade existente.

Se o pedido administrativo na secretária de fazenda do município não funcionar, uma alternativa é contratar um advogado tributarista, ou ainda, procurar um juizados especial (sem necessidade de advogado) com competência para fazenda pública.