Para controlar a população de mosca-da-fruta, é necessário eliminar os frutos caídos no solo. Adicionalmente, deve-se retirar os frutos temporões. Usar isca tóxica e/ou armadilha nas plantas silvestres infestadas e liberar espécimes machos inférteis adquiridos de laboratórios também são tipos de controle. Outra medida é o ensacamento dos frutos antes do início da maturação.