Olá,
De acordo com o inciso VI e VII do § 4º do art. 3º da LC 123/2006.

 Não se inclui no regime diferenciado e favorecido previsto nesta Lei Complementar, para nenhum efeito legal, a pessoa jurídica:
VI – constituída sob a forma de cooperativas, salvo as de consumo;
VII – que participe do capital de outra pessoa jurídica;

De acordo com o § 5º do mesmo artigo, poderá participar de cooperativa de crédito.
“Não se aplica à participação no capital de cooperativas de crédito, bem como em centrais de compras, bolsas de subcontratação, no consórcio previsto nesta Lei Complementar, e associações assemelhadas, sociedades de interesse econômico, sociedades de garantia solidária e outros tipos de sociedade, que tenham como objetivo social a defesa exclusiva dos interesses econômicos das microempresas e empresas de pequeno porte”

Mais informações:
http://www.portaldoempreendedor.gov.br/duvidas-frequentes