Na minha interpretação a cobrança de TFF (Taxa de Fiscalização e Funcionamento) é ilegal. O dispositivo abaixo que obriga a não cobrança é abrangente o suficiente isso:

Lei que institui o MEI determinou a não incidência de novos tributos voltados à formalização do MEI.

Art. 4^o  Na elaboração de normas de sua competência, os órgãos e entidades envolvidos na abertura e fechamento de empresas, dos 3 (três) âmbitos de governo, deverão considerar a unicidade do processo de registro e de legalização de empresários e de pessoas jurídicas, para tanto devendo articular as competências próprias com aquelas dos demais membros, e buscar, em conjunto, compatibilizar e integrar procedimentos, de modo a evitar a duplicidade de exigências e garantir a linearidade do processo, da perspectiva do usuário.

[…]

§ 3^o  Ressalvado o disposto nesta Lei Complementar, ficam reduzidos a 0 (zero) todos os custos, inclusive prévios, relativos à abertura, à inscrição, ao registro, ao funcionamento, ao alvará, à licença, ao cadastro, às alterações e procedimentos de baixa e encerramento e aos demais itens relativos ao Microempreendedor Individual, incluindo os valores referentes a taxas, a emolumentos e a demais contribuições relativas aos órgãos de registro, de licenciamento, sindicais, de regulamentação, de anotação de responsabilidade técnica, de vistoria e de fiscalização do exercício de profissões regulamentadas.           (Redação dada pela Lei Complementar nº 147, de 2014)

Fonte:
http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/Leis/LCP/Lcp128.htm

https://www.sebrae.com.br/sites/PortalSebrae/faq/o-alvara-de-funcionamento-provisorio-e-gratuito-para-mei,3d182bb750c04510VgnVCM1000004c00210aRCRD