Boa tarde!

O  aconselhamento diante da situação é, primeiramente, abrir um chamado no FALE CONOSCO do próprio Portal do Empreendedor para explanar a situação, pois pode ser apenas um problema técnico no site, que aparentemente não migrou a informação do seu pagamento para a base de dados do portal. O link para contato é https://sistema.ouvidorias.gov.br/publico/Manifestacao/RegistrarManifestacao.aspx e você deve direcionar a manifestação para a SMPE – Secretaria da Micro e Pequena Empresa da Presidência da República (MDIC), com o assunto MEI Microempreendedor Individual e assinalar que você quer falar com o órgão SMPE – Secretaria da Micro e Pequena Empresa (MDIC).