Bom dia!

O  aconselhamento diante da situação é, primeiramente, abrir um chamado no FALE CONOSCO do próprio Portal do Empreendedor para explanar a situação, pois pode ser apenas um problema técnico no site, que aparentemente não migrou a informação do seu pagamento para a base de dados do portal. O link para contato é https://sistema.ouvidorias.gov.br/publico/Manifestacao/RegistrarManifestacao.aspx e você deve direcionar a manifestação para a SMPE – Secretaria da Micro e Pequena Empresa da Presidência da República (MDIC), com o assunto MEI Microempreendedor Individual e assinalar que você quer falar com o órgão SMPE – Secretaria da Micro e Pequena Empresa (MDIC).

Caso o problema não seja esse, é necessário agendar visita na Receita Federal, levando o comprovante de pagamento, documentos pessoais e da empresa, para solicitar a quitação do débito. O agendamento pode ser feito através do endereço http://idg.receita.fazenda.gov.br/interface/agendamento

Para auxiliar na solução você também pode enviar o fato ocorrido para o Fale com o Simples, disponível no Portal do Simples Nacional através do endereço https://www8.receita.fazenda.gov.br/SimplesNacional/FaleConosco.aspx