Olá Ronaldo, bom dia!
Reproduzimos abaixo uma manifestação de nossa Ouvidoria, sobre o problema apontado por você, esperamos que o ajude:
“Somos orientados que os pagamentos levam até 5 dias úteis para serem reconhecidos pelo sistema e você deve acompanhar a baixa pelo Portal oficial do Governo Federal ([www.portaldoempreendedor.gov.br]www.portaldoempreendedor.gov.br).

Caso a baixa realmente não ocorra é necessário que você entre no Portal do Simples Nacional no link http://www8.receita.fazenda.gov.br/simplesnacional/ em Simei Serviços para verificar se de fato não consta o pagamento e, se for o caso, registrar sua manifestação na Ouvidoria do Ministério da Economia / Fazenda – http://fazenda.gov.br/carta-de-servicos/lista-de-servicos/ouvidoria-geral-do-ministerio-da-fazenda-2013-ogmf/ouvidoria-1 ou https://www.fazenda.gov.br/ouvidoria/sisOuvidor e telefone 0800 702 1111 (segunda a sexta-feira, das 8h às 20 horas).

Para auxiliar na solução você também pode enviar o fato ocorrido para o Fale com o Simples, disponível no próprio Portal do Simples Nacional através do endereço https://www8.receita.fazenda.gov.br/SimplesNacional/FaleConosco.aspx .
Se o problema não for resolvido, é necessário agendar visita na Receita Federal, levando o comprovante de pagamento, documentos pessoais e da empresa, para solicitar a quitação do débito. O agendamento pode ser feito através do endereço http://idg.receita.fazenda.gov.br/interface/agendamento.
Atenciosamente,
Ouvidoria Sebrae Nacional
No site a seguir você encontra uma série de perguntas e respostas sobre o MEI que podem ser úteis, acreditamos que vale a pena verificar:
https://www.gov.br/empresas-e-negocios/pt-br/empreendedor/servicos-para-mei/pagamento-de-contribuicao-mensal/perguntas-frequentes-sobre-o-pagamento-da-contribuicao-mensal