Para se formalizar como MEI você precisa ter cadastro no Portal de Serviços do Governo Federal (GOV.BR) e no Portal do Empreendedor.
Você consegue fazer as duas coisas acessando apenas o Portal do Empreendedor. Lá você encontra uma explicação sobre como se cadastrar, mas vou te mostrar também como fazer:
1. Acesse a opção Formalize-se. Depois de ler as instruções, clique no botão Formalize-se na parte de cima da tela.
2. Preencha as informações do seu cadastro no GOV.BR. Se você não tiver cadastro ainda, poderá fazer nesse momento clicando em Crie sua conta.
3. Quando terminar, clique novamente em Formalize-se.
4. Você precisará entrar com seu CPF e a senha do Portal GOV.BR
5. Em seguida, precisará autorizar seu acesso na Área do Usuário da REDESIM.
6. Você vai precisar informar o número do recibo da sua última declaração de imposto de renda de pessoa física (IRPF) ou do título de eleitor, caso não esteja obrigado a declarar o IRPF.
7. Informe o número do seu celular e o número do código vai ser enviado para você por SMS.
8. Confira os dados e preencha o que faltar.

O CNPJ, a inscrição na Junta Comercial e o Alvará Provisório saem na hora.