Como calcular/onde incluir a comissão de vendas do vendedor? (para incluir no valor final do produto)

(…), o Cálculo é em cima do valor de custo? Ou seja, descontando frete e imposto?

O sensato é tomar o custo do produto sem os impostos pra fins de cálculo dessas comissões. Do contrário, estaria pagando comissão até sobre os impostos que incidirem sobre a compra do produto.

Ou em cima do valor final do produto? (que o cliente paga).

De um jeito ou de outro, essa despesa de comissão sobre as vendas tem que fazer parte do preço do produto final, logo, o consumidor vai pagar por isso também.

Entenda que existem diversas formas de se calcular as comissões e que cada empresa é livre para fazer do seu jeito.

Em outras palavras, você poderia fazer isso também que não estaria errado. Entretanto, você deve ser bem cuidadoso ao fazer dessa forma, pois, estaria pagando comissão até sobre o custo de energia, do telefone, aluguel, salário do administrativo e mais um tanto de coisas para seus vendedores, inclusive os próprios salários.

Não posso dizer que é errado, porque tem gente que prefere dar comissão sobre o faturamento que os vendedores fazem.

(…), e como fazer o pagamento dessa comissão?

Você pode calcular a comissão sobre o custo do produto (nunca o da nota);

A partir de (x) unidades vendidas;

A partir de uma meta que pode ser em R$;

Pode inclusive, alterar o valor das comissões quando o vendedor superar uma segunda meta ou de perder também;

Pode usar a forma convencionada pelos empregados da categoria;

Pode ser o preço da nota de venda ao consumidor.

Tome cuidado com as comissões porque muitos produtos possuem uma margem baixa e acaba te trazendo uma baita dor de cabeça.

Espero ter ajudado e boa sorte =)