O Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) disponibiliza gratuitamente a pesquisadores e cientistas, que trabalham em soluções para a nova pandemia de coronavírus, os recursos de processamento paralelizado (GPU) do supercomputador Santos Dumont com o software Parabricks¹ da NVIDIA Enterprise.
O Santos Dumont é o maior supercomputador da América Latina e está localizado em Petrópolis, no Rio de Janeiro. Ele está envolvido em cerca de 150 projetos de pesquisas que atendem a exploração de petróleo e gás, carvão mineral e energias renováveis, desenvolvimento de fármacos para HIV, estudos sobre clima, e pesquisas dos vírus da ZIKA, Dengue, e, atualmente, também do novo coronavírus.
Para otimizar o processo, o supercomputador foi atualizado com 376 GPUs Tesla V100 da NVIDIA em dezembro de 2019, passando para a capacidade de processamento total de aproximadamente 5,1 quatrilhões de operações por segundo. O que gera um aumento de aproximadamente 360% se comparado às especificações originais de 2015 de 1,1 petaflops.
O Parabricks usa GPUs para acelerar a análise do genoma em 50 vezes a velocidade de servidor para servidor. Este software pode reduzir o tempo para analisar um genoma humano inteiro de 2 dias para menos de uma hora. Dada a disseminação sem precedentes da pandemia, gerar resultados em horas, em vez de dias, pode ter um impacto extraordinário no entendimento da evolução do vírus e do desenvolvimento de vacinas.
“O supercomputador Santos Dumont será utilizado para o processamento de exomas e genoma humanos e genomas da Covid-19. Com o pacote NVIDIA Parabricks Genome Analisys Toolkit (GATK), executado nos nós com GPU, buscaremos variantes nas amostras de DNA de paciente e do vírus, para entendermos o comportamento da doença em diferentes indivíduos para dar suporte a estratégias de como enfrentar a pandemia”, explica Luiz Gonzaga, tecnologista do Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica.
Os interessados em utilizar essas ferramentas para pesquisas relacionadas ao novo coronavírus devem enviar o projeto pelo link com o formulário oficial.
¹O software Parabricks estará disponível gratuitamente por 90 dias.
