De acordo com o Portal do Empreendedor, sim. Contudo, o contador precisará de procuração eletrônica para prestar as informações em nome do MEI. A procuração eletrônica pode ser cadastrada gratuitamente no eCAC da Receita Federal. O cadastro é online.

Acesse: http://www.portaldoempreendedor.gov.br/duvidas-frequentes/e-social-para-mei/23-4-tenho-um-contador-ele-podera-prestar-minhas-informacoes-ao-esocial