Esse assunto ainda é muito discutido no Brasil. Servidores federais são proibidos de dirigirem ou gerenciarem empresas, o que inclui o MEI.

Há um projeto de lei que libera qualquer servidor que não tenha cargo de gerência ou direção a exercer atividades de MEI.

O ideal é você consultar diretamente sua prefeitura que pode ter normas específicas para o seu tipo de contrato.