Boa tarde!

Existem alguns serviços de contabilidade de permitem que através de um pagamento mensal, você utilize o endereço comercial fornecido por eles. Sendo assim eles, além de abrir o CNPJ na modalidade que você quiser, ainda se encarregam de toda comprovação  de documentação para enviar aos órgãos competentes.

Ou seja, você não precisa necessariamente ter um endereço para abrir um CNPJ. Entretanto faz-se necessário verificar a modalidade de negócios CNPJ que você irá abrir. Creio que um CNPJ para vendas online ou serviços, a empresa que fornece o endereço de domicilio fiscal pode abrir sem problemas.

Pesquise algo como: abrir empresa com locação de endereço comercial

Espero ter ajudado.