Boa tarde!

Quando há o pagamento em duplicidade de um boleto, regra geral, o sistema não aceita o pagamento e o dinheiro é devolvido à conta de origem. Esse processo leva em média uns dois dias, mas pode variar de banco para banco.

Se for possível, entre em contato com o beneficiário do boleto também e veja com ele se consta um recebimento em duplicidade, pois nesse caso, ele tem de devolver o dinheiro a voce.