Deve ser sua prioridade fazer esta separação, uma vez que pode estar incorrendo em dois erros, um tributário e o outro de ter uma falsa lucratividade em sua empresa.

A forma mais simples e separar as contas bancárias, da PJ só entra e sai movimento da empresa, você estabelece o seu salário mensal e transfere para a PF. Cuidado, se tiver funcionários a conta PJ tende a ter sobrar, que na verdade não são suas, são provisões que em algum momento será pago para este funcionário (Férias, 13o., rescisão, entre outros).  Portanto não deve considerar o saldo bancário como resultado da sua empresa. Se tiver estoque, o efeito é contrário, pode faltar dinheiro, então, uma forma e registrar empréstimos da pessoa física. Ao final você terá o seu salário e o retorno do empréstimo. Tudo isto é uma explicação simples, o correto e você ter sua planilha de resultado (DRE) e o fluxo de caixa.  Aprimorando você pode fazer seu planejamento financeiro comparando com o resultado real.

Se tiver interesse, pode contar conosco que ajudamos a fazer esta separação com números reais

José Roberto Cassiano