No caso do uso pelo Whatsapp Business, ou seja, por empresas, não há limitação, mas há cobrança de taxa:

O Facebook Pay usa um provedor de pagamento terceirizado, a Cielo, para o processamento de pagamento. No serviço oferecido via Whatsapp Business há a vantagem de não precisar ter uma conta em uma das instituições parceiras para receber pagamentos e não haver limite nas transações, apesar da taxa de 3,99% por transação e o dinheiro será recebido em até dois dias úteis.